systems biology 篇论文

系统生物学不再将生命视为孤立零件的堆砌，而是试图理解细胞内无数分子如何像交响乐般协同运作。这一领域通过整合海量数据，揭示基因、蛋白质与环境之间复杂的互动网络，让我们从整体视角去解读生命的奥秘，而非仅仅关注单一环节。

在 Gist.Science 上，我们持续追踪并处理来自 bioRxiv 的最新预印本，确保您能第一时间接触到这些前沿探索。每一篇入选的系统生物学论文，都经过我们团队的深度解读，提供通俗易懂的科普摘要与详尽的技术解析，让专业研究变得触手可及。

下方为您呈现该领域最新的预印本列表，带您走进从数据到生命图景的精彩旅程。

HetNetEX 是一种新颖的方法，它通过一种精确的解析推断技术，取代了计算量大且分辨率受限的基于置换的 XSwap 方法，从而高效地计算异质生物医学知识图中连通性的显著性。

本文证明了高维 ABC-SMC 中标准正态扰动核的失效是由摘要统计量引起的协方差过度膨胀与维度驱动的步长过度集中共同导致的，并提出了将柯西核作为一种鲁棒的默认替代方案，该方案无论维度如何变化，都能保持正向接受率并显著提高后验近似精度。

本文呈现了对 MitoCore 人类代谢模型的系统性策展与标准化更新，该更新显著提升了其注释质量以及与蛋白质约束建模的兼容性，从而提高了疾病相关代谢预测的准确性，并为未来的自动化更新建立了框架。

通过在 LUHMES 模型中整合多组学图谱分析与增强子-启动子相互作用图谱绘制，本研究阐明了驱动人类多巴胺能神经元分化的协同调控网络，并确定了关键转录因子（如作为关键成熟驱动因子的 MYT1、ISL2 和 NHLH2，以及作为负调节因子的 LCOR）。

本研究利用化学蛋白质组学技术鉴定出植物和蓝细菌中新型的 ppGpp 结合靶点，揭示了诸如叶绿体中嘧啶代谢受抑制以及蓝细菌中糖原合成和羧体聚集被激活等截然不同的调节机制，从而扩展了我们对光合生物如何适应环境应激的理解。

本文介绍了 Dis2Vec，这是一种表示学习框架，它通过遗传和表型数据生成具有生物学依据的疾病嵌入，以实现系统的知识重用、提高用于投资决策的治疗可迁移性预测，并促进罕见与非罕见疾病的无监督聚类。

这项纵向血浆蛋白质组学研究确定了一个可重复的五蛋白质顺序级联反应，该反应由 IL-33/ST2 轴引导并以子宫肌层收缩蛋白为终点，作为自发性人类分娩启动的分子触发机制。

通过对海洋异养细菌库进行表型分析，本研究揭示了尽管在多种碳源和氮源上的生长与系统发育联系较弱，但其生长是围绕着诸如碳氮比（C:N stoichiometry）和还原程度等底物特性，以及挑战简单产量预测的菌株特异性性状而组织的，并为模拟全球生物地球化学循环提供了新的原则。

本文介绍了 TabularQual，这是一种基于电子表格的格式及其双向转换器，旨在通过连接人类可读的逻辑模型表示与标准化的 SBML-qual XML 格式，来增强调控和信号传导模型的注释、策展、交换与互操作性。

本研究引入了一种新型细胞组学 - 结构整合（COSI）平台，该平台能够同时绘制单细胞基因表达图谱和超分辨率超微结构，以识别调控肝窦内皮窗孔的特定基因集，从而为评估和治疗非酒精性脂肪性肝炎和糖尿病等代谢疾病提供新的分子标志物。